本校的經營團隊是由校長率領四位副校長，分別負責學術、行政、國際事務與蘭陽校園。各一、二級教學與行政主管，各司其職。運用「同僚」、「官僚」、「政治」與「企業」四個管理模式，推動校務的發展。

本校的管理模式是「同僚」、「官僚」、「政治」和「企業」四個模式，分屬教學、行政和領導階層運用，同時採用「區隔化」、「個別化」、「集中化」以及「全球化」的思維，以達到成本、效率、產出以及效能之統合。本校運用這四個管理模式治校，可適時回應環境變化，達到永續經營的目標。

本校於 1992 年 引進「全面品質管理」， 設置「教育品質管制委員會」，由校長擔任主任委員直接領導運作，並成立教育品質管理專責單位執行推動 TQM 。迄今每年定期舉辦「 全面品質管理研習會」、「教學與行政革新研討會」，集教學與行政各級主管和行政人員於一堂，集思廣益，創發有利學校發展的策略，藉以提升教學、行政與服務的品質。 2006 年設立「淡江品質獎」，獎勵本校執行 TQM 績效卓著的單位。

本校在應付各種挑戰時，均適時調整組織架構，重新定位，以增強組織功能，創造優勢。 2002 年為因應教育部推動多元化管道入學的激烈競爭環境而設立「招生組」，專司本校各項招生事宜。 2004 年為統籌校內外住宿學生之生活管理與輔導而設置「住宿輔導組」。 2006 年為激發教師卓越教學潛力，改進教師教學成效，增強學生學習效果而成立「學習與教學中心」。 2007 年為整合學校各單位推動國際化之業務，期使全校的國際交流能更加進步、茁壯而增設「國際事務副校長」。2011 年為有效執行教育品質評鑑及內部控制制度相關業務，將教育評鑑發展組改制為「品質保證稽核處」。 2015 年為確保校務永續發展並提升校務管理效能，成立「校務研究中心」。 2012 年為申請國際商管學院認證，將商學院與管理學院合併為「商管學院」。 2018 年為彰顯蘭陽校園「三全教育」(全大三出國、全英語授課、全住宿書院)的特色，組織變革而改設「蘭陽副校長」，另因應少子女化，逐年進行組織精簡，從行政二級單位開始檢討整併。凡此皆為活化組織，增強學校迎接各種挑戰能力之策略。